Nacido en Ciudad de México en 1955, se trasladó a Estados Unidos en 1978. Cursó estudios de Lingüística y Literatura Latinoamericana en la Universidad Nacional Autónoma de México y de Arte en el California Institute of the Arts de Los Ángeles, y de 1983 a 1990 vivió en la región fronteriza de San Diego. En 1999 obtuvo la doble nacionalidad, y desde entonces vive entre Estados Unidos y México. Su obra, caracterizada por géneros mixtos y lenguajes experimentales, abarca la performance, la radio experimental, la instalación, el vídeo y la fotografía. Gómez-Peña es también autor de ensayo y poesía experimental. Ha fundado, con otros creadores, el colectivo artístico Border Arts Workshop/Taller de Arte Fronterizo (BAW/TAF) y ha sido director del grupo internacional de performance La Pocha Nostra.

Sus performances, siempre provocadoras y polémicas, invalidan todos los tópicos y prejuicios culturales y coloniales. La relación norte-sur estructura sus propuestas, junto con la inmigración, el mestizaje, la confrontación entre culturas y la política del lenguaje. Gómez-Peña combina una estética radical con el activismo político, y siempre con cierto humor spanglish. Con gran habilidad para dar centralidad a las fronteras culturales y marginalizar la supuesta «cultura dominante», sus propuestas no dejan indiferente a nadie. La crítica se ha referido a ellas como «performance chicana ciberpunk» y «arte etnotecno».

Ha presentado sus performances y su trabajo por todo el mundo: en Estados Unidos, Canadá, Latinoamérica, Europa, Rusia, Australia y Sudáfrica. Entre sus proyectos más relevantes, destacan Border Brujo (1988-1989), Couple in the Cage (1992-1993), Naftazteca TV (1994), Mexarcane International (1994-1995), Temple of Confessions (1995-1996), The Mexterminator Project (1997-1999), The Living Museum of Fetish/ized Identities (1999-2002), Posnacional Series (2013-2020), Borderscape (2000) y Gómez-Peña's Casa Museo: A Living Museum and Archive (2021). Ha realizado proyectos de arte colaborativos con artistas de la performance como Coco Fusco, James Luna, Tania Bruguera y Sara Shelton Mann, entre muchos otros. Sus obras forman parte de colecciones de múltiples instituciones, como el MoMA de Nueva York, The Museum of Contemporary Art de Los Ángeles, el National Museum of Mexican Art de Chicago, el Museo Universitario Arte Contemporáneo de Ciudad de México, la Tate Modern de Londres y el MACBA de Barcelona.